Historia del Junior de Barranquilla

Era amateur

El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo de Barranquilla. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creó el equipo Juventus, ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.

Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, liderados por Micaela Lavalle de Mejia, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil. El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció21.

En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior.

Juventud Junior en 1929.

1930-1939

En 1932 queda campeón de la Primera Categoría.

En 1936 el equipo empezó a ser llamado Junior, como lo conocemos actualmente, teniendo en su equipo a jugadores como Roberto Meléndez, el primer jugador colombiano que juega en el exterior, y Romelio Martínez. Entre 1930 y 1940 Junior juega algunos partidos amistosos con la dirección técnica del inglés jack greenwell, dándose a conocer internacionalmente.

1940-1947

Entre 1942 y 1947 es considerado el mejor equipo de Colombia. En 1945 participa representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Fútbol bajo el auspicio de la Adefútbol. En este torneo, Junior, representando a Colombia, jugó contra Brasil (perdiendo 3-0), contra Uruguay (perdiendo 7-0), Chile(perdiendo 2-0), Argentina (perdiendo 9-1), Ecuador (ganando 3-1) y Bolivia (empatando 3-3). Al final del torneo, Junior terminó quinto con 3 puntos, superando a Bolivia (2 puntos) y Ecuador (1 punto).

Era profesional

1948-1949

En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano(Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe. En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.

En 1949 es requerido por la Adefútbol para participar representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Río de Janeiro, Brasil, siendo sancionado por la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefútbol. En el Torneo Suramericano jugó, como Selección Colombia, contra Paraguay (perdiendo 3-0), Perú (perdiendo 4-0), Brasil (perdiendo 5-0), Chile (empatando 1-1),Uruguay (empatando 2-2), Ecuador (perdiendo 4-1) y Bolivia (perdiendo 4-0). Al final del torneo, terminó último con 2 puntos, los mismos de Ecuador.

1950-1953

Junior regresa a la Dimayor en 1950 teniendo entre sus jugadores a Heleno de Freitas. Al final del torneo queda 8.º con 31 puntos.

En 1951 llegan Efraín "El Caimán" Sánchez y Tim. Terminan octavos con 36 puntos. Al final del año saldrían del equipo Efraín "El Caimán" Sánchez,Heleno de Freitas y Tim.

En 1952, sin sus grandes estrellas brasileñas y el gran portero colombiano, Junior terminó sexto en el torneo con 33 puntos.

En 1953 terminan 10.º del campeonato, con 15 puntos. También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.

1966-1969

En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.

En 1967, Junior contrata a tres míticos jugadores brasileños: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos. Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe. Ese mismo año salen del equipo las tres estrellas brasileñas contratadas a principio de año.

En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín "El Caimán" Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios. Pierde en la lucha por el tercer lugar anual al empatar un partido y perder el otro.¹A final de año sale del equipo el mítico arquero Efraín "El Caimán" Sánchez.

En 1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un gol olímpico en un mundial de fútbol:Marcos Coll (logro hecho en el Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos.

Garrincha fue parte de la mítica delantera brasileña en 1967.

1970-1979

En 1970 llega al equipo uno de los jugadores insignes de los primeros títulos: Jesús "Toto" Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina segundo; y en el Torneo Finalización termina noveno con 23 puntos. A pesar del mediocre Torneo Finalización, Junior logró clasificarse al Cuadrangular Final, donde enfrentó a Deportivo Cali, Santa Fe y Cúcuta Deportivo. Al final, Deportivo Cali ganó el campeonato. A pesar de haber perdido el campeonato, Junior clasificó a su primera Copa Libertadores.

En 1971 participa en su primera Copa Libertadores. Queda ubicado en el grupo 5 junto a Barcelona de Guayaquil, Emelec y Deportivo Cali. Junior queda eliminado al quedar último del grupo con 5 puntos. El primer partido de Copa Libertadores que jugó Junior fue contra Deportivo Cali en el estadio Romelio Martínez de Barranquilla, con resultado 2-1 a favor de Junior. En el torneo doméstico Junior terminó el Torneo Apertura en el puesto 12 de la tabla con 18 puntos. En el Torneo Finalización, termina 12 con 19 puntos.

En 1972 se vuelve accionista del club Fuad Char, trayendo al goleador brasileño Víctor Ephanor. En el Torneo Apertura Junior terminó segundo con 36 puntos (a 2 del líder). En el Torneo Finalización termina quinto con 29 puntos. Junior con estas campañas logra clasificar al Triangular Final donde enfrenta a Millonarios y Deportivo Cali. Junior termina tercero con 3 puntos.

En 1973 llegan importantes figuras como Dulio Miranda (quien duraría solo ese año), Gabriel Berdugo y el uruguayo Nelson Silva Pacheco. Vuelve Marcos "Olímpico" Coll. En el Torneo Apertura, Junior termina décimo con 23 puntos. En el Torneo Finalización, Junior terminó sexto con 24 puntos.Nelson Silva Pacheco queda goleador colombiano con 36 goles.

En 1974 vuelve el goleador brasileño Victor Ephanor. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 33 puntos. En el Torneo Finalización, Junior terminó sexto con 22 puntos. Junior así clasificaba al Hexagonal donde enfrenta a Deportivo Cali, Atlético Nacional, Deportivo Pereira, Millonarios y América de Cali. Junior termina quinto del Hexagonal con 9 puntos.Víctor Ephanor queda goleador con 33 goles.

En 1975 llega el arquero argentino Juan Carlos Delménico, se marchan Jesús "Toto" Rubio, Víctor Ephanor y vuelve Dulio Miranda. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 32 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda ubicado en el Grupo A. Termina tercero con 22 puntos. Junior clasificó a la Final. En la tabla de posiciones Junior termina quinto con 6 puntos.

En 1976 llegan Otmar Rubén Pellegrini (solo por ese año) y Juan Ramón Verón. Junior termina segundo del Torneo Apertura con los mismos puntos del líder Millonarios de Bogotá con 37 puntos. Ál estar empatados en puntos, Junior y Millonarios jugaron una serie de desempate. En el partido deBarranquilla, Junior ganó 4-1. Luego en Bogotá, Millonarios venció por el mismo marcador, quedando un resultado global de 5-5. Este partido fue suspendido por disturbios en el estadio por lo que Millonarios y Junior compartieron el liderato del Torneo Apertura, clasificando ambos a los Hexagonales Finales. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando sexto con 20 puntos. En el Hexagonal Final Junior termina cuarto con 11 puntos. A final de año se marcha el goleador uruguayo Nelson Silva Pacheco.

En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo "El Indio" Solari y Alfredo "El Maestrico" Arango. Vuelve el defensa Jesús "El Toto" Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtenía su primer campeonato nacional y su segunda Copa Libertadores. Al final de la temporada se van del equipo los argentinos Eduardo "El Indio" Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos 

En 1978 vuelve el goleador uruguayo Nelson Silva Pacheco. Junior juega su segunda Copa Libertadores. En esta edición también queda en el grupo 4 junto a Danubio de Uruguay, Deportivo Cali y Peñarol de Uruguay. Junior queda eliminado en la fase de grupos al terminar tercero con 6 puntos. En el campeonato colombiano, Junior termina el Torneo Apertura décimo con 24 puntos. En el Torneo Finalización, queda ubicado en el Grupo B. En el grupo B, Junior termina segundo con 25 puntos (a 3 del líder Once Caldas). Con este resultado clasificó a las Semifinales, quedando ubicado en el grupo A. Junior termina tercero con 5 puntos, quedando eliminado del torneo. Al final del año se van del equipo Alfredo "El Maestrico" Arango y Nelson Silva Pacheco.

En 1979 vuelve Juan Ramón Verón solo por ese año. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 32 puntos. En el Torneo Finalización, Junior terminó séptimo con 22 puntos. En las Semifinales, Junior terminó primero del grupo A con 8 puntos, dos más que el segundo América de Cali clasificando al Cuadrangular Final. En este cuadrangular, Junior termina último con solo 1 punto.

Juan Ramón Verón, artífice del primer título profesional en 1977.

1980-1989

En 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.

En 1981, Junior participa en su tercera Copa Libertadores. Queda ubicado en el grupo 1 junto a Rosario Central, Deportivo Cali y River Plate. Junior queda eliminado en la fase de grupos al quedar cuarto. En el campeonato colombiano, Junior termina 12 del Torneo Apertura con 21 puntos. En el Torneo Finalización "Chalela y Chalela", Junior termina segundo del grupo B con 24 puntos, a 3 del líder Deportes Tolima, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. Junior queda ubicado en el grupo A de los Cuadrangulares Semifinales, compartiendo el primer lugar con el América de Cali con 9 puntos, clasificando ambos equipos al Cuadrangular Final. En el Cuadrangular Final, Junior enfrentó a América de Cali, Deportes Tolima y Atlético Nacional. Junior termina cuarto con 5 puntos.Al final de este año se marchan del equipo Jesús "Toto" Rubio, el arquero argentino Juan Carlos Delménico y el defensa Gabriel Berdugo.

En 1982 llegan al equipo los defensas argentino Edgardo Bauza y colombiano Alexis Mendoza. En el Torneo Apertura, Junior termina 11 con 22 puntos. En el Torneo Finalización, queda tercero en el grupo B con 27 puntos, clasificando al Octagonal Final. En el octagonal, Junior termina último con 11 puntos.²⁶

En 1983 llega al equipo Didí Alex Valderrama. En la Copa de la Paz, Junior termina líder del grupo B con 20 puntos sacándole 2 puntos mas al segundo,Millonarios, clasificando a la Serie Extra para enfrentar a Once Caldas. Junior pierde un partido y empata el otro en la Serie Extra obteniendo una bonificación de 0,75 puntos y clasificando al Octagonal Final. En el Torneo Nacional, Junior termina cuarto con 34 puntos obteniendo una bonificación de 0,25 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina segundo con 19 puntos, solo 0,75 puntos por debajo del campeón América de Cali. Junior así obtenía su tercer subcampeonato y su cuarta clasificación a Copa Libertadores.

En 1984 llega al equipo el marcador colombiano Leonel Álvarez (solo por ese año). De pretemporada, Junior participa en el torneo internacional amistoso Copa Ciudad de San Cristóbal, enfrentándose a Deportivo Táchira, Atlético San Cristóbal (ambos de Venezuela) y Deportivo Municipal de Perú. Junior gana el torneo al empatar 1-1 con Deportivo Municipal y vencer 1-0 al anfitrión Atlético San Cristóbal y 2-1 al Deportivo Táchira. Termina líder con 5 puntos, superando por 1 punto al Deportivo Táchira. Junior participa en su cuarta Copa Libertadores, quedando ubicado en el grupo 3 junto a Santos de Brasil,América de Cali y Flamengo de Brasil. Junior queda eliminado en la fase de grupos, quedando tercero con 4 puntos. En el torneo doméstico, Junior termina líder del grupo A de la Copa de la Paz con 22 puntos (2 más que el segundo Atlético Nacional), enfrentándose a América de Cali en la Serie Extra y clasificando al Octagonal Final. Con el América de Cali pierde los dos partidos, ganando de bonificación 0,75 puntos. En el Torneo Nacional, Junior termina tercero con 31 puntos ganando una bonificación de 0,50 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina quinto con 14,25 puntos.

En 1985 se marcha el defensa argentino Edgardo Bauza. En la Copa de la Paz, Junior queda líder del grupo B con 20 (con 2 puntos de ventaja sobre el segundo América de Cali), clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Medellín venciéndolo en un juego y empatandole en el otro, superándolo y ganando una bonificación de 1 punto. En el Torneo Nacional, Junior termina 11 con 22 puntos. En el Octagonal Final termina cuarto con 17 puntos.

En 1986 se muda de estadio, del viejo Romelio Martínez al gran Metropolitano. El primer partido jugado en este estadio fue contra la selección de Uruguay. También este año llega el volante peruano Julio Cesar "El Emperador" Uribe, solamente para ese año. En el Torneo Apertura "José Eduardo Gnecco", Junior termina líder del grupo B con 19 puntos (1 más que el segundo América de Cali), clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Medellín. Junior empata los dos partidos pero gana la bonificación de 1 punto debido a que logró un punto más en el Torneo "José Eduardo Gnecco". En el Torneo Finalización "Edmer Tamayo Marín", Junior termina décimo con 26 puntos. En el Octagonal Final, termina cuarto con 16 puntos.

En 1987, en el Torneo Apertura "Héctor Mesa Gómez", Junior queda segundo del grupo B con 18 puntos (1 menos que el líder América de Cali) clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Atlético Nacional ganado un partido y perdiendo otro, obteniendo Junior una bonificación de 0,25 puntos. En el Torneo Finalización "Carlos Arturo Mejía", Junior terminó octavo con 28 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina quinto con 16,25 puntos. A final de año se marcha del equipo Didí Alex Valderrama.

En 1988 llega al equipo Iván René Valenciano. En el Pentagonal del Torneo Apertura, Junior quedó en el grupo C junto a Atlético Nacional, Sporting de Barranquilla, Unión Magdalena y Medellín. Junior terminó cuarto con 6 puntos. En los Triangulares, Junior quedó ubicado en el grupo D junto a Deportes Quindío y Atlético Bucaramanga. Junior terminó segundo con 4 puntos, dos menos que el líder Deportes Quindío. Por estos resultados Junior recibe 0,25 puntos de bonificación. En el Torneo Nacional, Junior queda cuarto con 33 puntos. En el Octagonal Final, Junior queda quinto con 14,25 puntos.

En 1989 llega el delantero Miguel "Niche" Guerrero.

1990-1999

En 1990 llegan el arquero colombiano José María Pazo, Víctor Danilo Pacheco y Oswaldo Mackenzie. En el Torneo Apertura, Junior queda sexto con 13 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina 13 con 18 puntos. En la Reclasificación, Junior termina 12 con 31 puntos, quedando eliminado de los Grupos Semifinales.A final de año se marcha del equipo Miguel "El Niche" Guerrero.

En 1991 llega al equipo el volante paraguayo Javier Ferreira. En el Apertura, Junior termina quinto con 14 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina líder con 40 puntos (2 más que su perseguidor Deportes Qunidío). En la Reclasificación, Junior termina primero con 54 puntos (3 de ventaja sobre el segundo Deportes Quindío), obteniendo una bonificación de 1 punto y clasificando a los Grupos Semifinales. En los Grupos Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Medellín. Junior termina segundo con 8 puntos (0,25 menos que el líder Atlético Nacional). Sin embargo Junior clasifica al Grupo Final donde enfrenta a Nacional, América de Cali e Independiente Santa Fe. Junior termina tercero con 6 puntos. Junior clasifica a su primera Copa Conmebol. Iván René Valenciano termina como goleador con 23 goles.A final de año se marchan Oswaldo Mackenzie yAlexis Mendoza

En 1992 llega al equipo el goleador Arnoldo Iguarán. Junior participa en su primera Copa Conmebol. En este torneo jugó los octavos de final contra Sport Marítimo de Venezuela venciéndolo 6-0 en Barranquilla y 1-0 en Caracas para un marcador global de 7-0. En los Cuartos de Final, Junior se enfrenta alAtlético Mineiro de Brasil empatando 2-2 en Barranquilla y perdiendo 3-0 en Belo Horizonte quedando eliminado de la competición. En el Torneo Apertura colombiano, Junior queda ubicado en el grupo A terminando quinto con 16 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda segundo con 38 puntos (3 menos que el líder América de Cali). Junior gana una bonificación de 0,75 puntos. En la Reclasificación, Junior terminó cuarto con 54 puntos, clasificando Junior a los Grupos Semifinales. En los Grupos Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Atlético Bucaramanga yMillonarios. Junior termina segundo con 8,75 puntos (0,25 menos que el líder Deportivo Cali) clasificando Junior al Grupo Final. En el Grupo Final, Junior enfrenta a América, Nacional y Cali donde pierde los seis partidos y termina cuarto con 0,75 puntos .Al final de esta temporada salen el volante paraguayo Javier Ferreira y Arnoldo Iguarán.

En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel "Niche" Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia: Carlos "El Pibe" Valderrama(incluido en el top 50 de los mejores jugadores de fútbol de la historia según la FIFA). En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto al Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el Independiente Medellín). Miguel Ángel "El Niche" Guerrero queda goleador con 34 goles. Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano.

En 1994 llega el delantero chileno Cristian Montesinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia de Paraguay y Cerro Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los Octavos de Final se enfrenta con Colo-Colo de Chile, terminando en un resultado global 3-3. En los penaltis, Junior ganó 4-3. En los Cuartos de Final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las Semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sársfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global termina 3-3. Al final, en los penaltis, Junior fue vencido 5-4 quedando eliminado del torneo. En el torneo colombiano, Junior queda décimo del Apertura con 15 puntos. En el Finalización, Junior queda cuarto con 35 puntos, ganando 0,25 puntos de bonificación y clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda en el grupo B, junto a América de Cali, Millonarios y Once Caldas. Junior termina tercero con 5,25 puntos. A final de año sale del equipo Miguel Ángel "El Niche" Guerrero.

En 1995 queda campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.

En 1996 participa en su sexta Copa Libertadores, quedando en el grupo 3 junto a América de Cali, San José de Bolivia y Guabirá de Bolivia. Terminó segundo del grupo, 2 puntos por debajo de América de Cali. En Octavos de Final se enfrentó a Cerro Porteño de Paraguay ganando por un resultado global de 1-0. En los Cuartos de Final, se enfrentó con el América de Cali, quedando eliminado con un resultado global de 2-1. En el Torneo Apertura 1995/96, Junior queda ubicado en el grupo B, donde termina tercero con 25 puntos. En la Copa Mustang II, Junior termina octavo con 39 puntos. En la Reclasificación, Junior termina octavo con 64 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Millonarios, Nacionaly Tolima. Junior termina último con 7 puntos quedando eliminado del torneo. Iván René Valenciano es goleador con 36 goles.Al final del año salen jugadores importantes como Carlos Valderrama y Cristián Montesinos.

En 1997 participa en la Copa Internacional Reebok, participando junto a equipos como Borussia Mönchengladbach de Alemania, Necaxa de México yPalmeiras de Brasil resultando campeón al empatar 2-2 con Palmeiras y vencerlo en los penales y en la final vencer 2-0 a Borussia Mönchengladbach.⁴³En el Torneo Apertura 1996/97, Junior queda cuarto con 48 puntos, recibiendo una bonificación de 0,25 puntos para la reclasificación. En el Finalización, Junior termina sexto del grupo B. En la Reclasificación, Junior termina séptimo con 65,25 puntos quedando eliminado del torneo.⁴⁴ Al final del año salen del equipo José María Pazo y Oswaldo Mackenzie.

En el Torneo Apertura de 1998, Junior termina séptimo con 55 puntos. En los Cuadrangulares comparte el grupo D junto a Atlético Bucaramanga,Asociación Deportiva Unión Magdalena y Deportivo Unicosta. Junior termina de líder con 14 puntos (2 más que el segundo Bucaramanga. En el Torneo Finalización, Junior quedó en el grupo A, terminando séptimo con 11 puntos. En la Reclasificación, Junior termina 14 con 66 puntos, quedando eliminado del torneo.A final de año sale Alexis Mendoza.

En 1999 vuelve el arquero José María Pazo y llega Hayder Palacio. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 34 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina tercero con 35 puntos. Junior clasifica a los Cuadrangulares, quedando en el Grupo B junto a Atlético Nacional, Cortulúa y Deportivo Pasto. Junior termina segundo con 10 puntos (a 5 del líder Atlético Nacional). Junior clasifica a su séptima Copa Libertadores. A final de año salen Iván René Valenciano, Víctor Danilo Pacheco, José María Pazo y Jorge Bolaño.

El técnico argentino José Varacka guió el club al segundo título profesional en 1980.

2000-2009

Para el 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay 4-2. En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la semifinal venció a Medellín. En la final enfrentó a Equidad venciéndolo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad. Por la Copa Colombia, Junior logra terminar 2° del grupo A con 18 puntos, los mismos que el líder Real Cartagena, quien los superaba por diferencia de goles (5 contra 4), clasificando directamente a los octavos de final, a disputarse al siguiente semestre. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña.

Para el Torneo Finalización, Junior contrata al portero Luis Estacio como principal refuerzo. Logran mantener la mayoría de la nómina campeona, sin embargo con muchos actos de indisciplina y excesiva confianza, los jugadores de Junior hacen un vergonzoso campeonato, resultando en el peor torneo corto en la historia del equipo con solo 16 puntos. Esto conduce al despido del presidente Alejandro Arteta reemplazándolo con Arturo Char y, como consecuencia, del técnico Diego Edison Umaña, reemplazándolo por Oscar Hector Quintabani. Por la Copa Colombia el equipo es eliminado en octavos de final a manos del Deportivo Cali a quien venció 1-0 en Barranquilla, pero perdió 3-2 en Cali y al final cayó 4-2 en los penales. Al final del año salen del equipo Jorge Casanova, Román Torres y Hayder Palacio.

Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viafara, José Amaya,Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Paez. El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. En los octavos de final enfrenta a Jaguares de Chiapas, empatando 1 a 1 en Tuxtla Gutiérrez y 3 a 3 en Barranquilla, siendo eliminado por goles de visitante. Las directivas mantuvieron a Oscar Hector Quintabani en su cargo hasta el final del campeonato, donde Junior terminó 15° con 19 puntos, siendo esta una de las peores campañas que el club ha realizado en su historia. Su reemplazante sería Jorge Luis Pinto. Por la Copa Colombia 2011 el equipo termina líder del grupo A con 21 puntos, 1 más que su escolta Valledupar clasificando a los octavos de final a disputarse al siguiente semestre. Al final de semestre salen del equipo Paulo Cesar Arango y John Viáfara.

Para el Torneo Finalización 2011 se cambia nuevamente de presidente, siendo Antonio Char el sucesor de Arturo Char. Junior contrata a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo sería José Eugenio "Cheché" Hernández recomendado por el mismo Pinto. El equipo termina 1° en el todos contra todos por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires. En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunjadebido a la agresión a un juez de linea. Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentaría a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logra el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).

Por la Copa Colombia, Junior enfrenta al Once Caldas empatando 1 a 1 ambos juegos (en Manizales y Barranquilla) y clasificando a los cuartos de final al ganar 4-3 en los penales. En los cuartos de final enfrentaron a Valledupar empatando 0 a 0 en Barranquilla y 1 a 1 en Valledupar definiendo nuevamente la serie desde la tanda de penales, que finalmente volverían a ganar por resultado 2-4. En las semifinales enfrentaban a Millonarios perdiendo 3-0 en Bogotá y empatando 0-0 en Barranquilla quedando eliminados del certamen. Carlos Bacca logra consagrarse por 2° vez goleador de este torneo, esta vez con 8 goles (compartiendo el título con Oscar Iván Méndez del Real Cartagena).

Al final del año, salen del equipo Carlos Bacca (rumbo al fútbol belga), Juan David Valencia, José Amaya y Sergio Otálvaro.

Para el primer semestre de 2012 llegan al equipo Iván Velez y Héctor Quiñones como principales contrataciones. Junior cumple malas campañas debido a la salida de sus principales figuras y su no reemplazo dentro de la nómina. En la Copa Libertadores 2012 queda eliminado en fase de grupos al terminar tercero del grupo 3 con 7 puntos, 3 menos que los líderes Unión Española y Bolívar. Mientras, en el Torneo Apertura terminó 10° con 25 puntos, quedando eliminado de los cuadrangulares semifinales. En la Copa Colombia tampoco se cumplía una buena campaña, a terminar 3° del grupo A con 17 puntos (2 menos que el líder Uniautónoma) y clasificando a los octavos de final como uno de los mejores terceros. A pesar de esta situación, el técnico es mantenido en su cargo.

Para comenzar el segundo semestre, Junior tenía la cita de la Superliga, enfrentando a Nacional, campeón del Torneo Apertura 2011. Junior perdería los dos partidos 1-3 en Barranquilla y 3-0 en Medellín, siendo superado ampliamente por los antioqueños con un global de 6-1 y quedando subcampeón de dicho torneo. Ante la mala campaña en el primer semestre y el desastre de la Super liga, se hace un esfuerzo económico grande para contratar figuras de talla internacional como Teófilo Gutiérrez (que volvía al equipo después de 2 años y medio de trayectoria internacional) y Dayro Moreno (procedente de México), y otras de figuración nacional como Carlos Rentería (dos veces Botín de Oro en Colombia) y Diego Amaya, convirtiéndose en el equipo más costoso de Colombia en ese momento. Junior cumplió una buena campaña en el todos contra todos, manteniéndose entre los cuatro primeros puestos desde la fecha 3 hasta la 18. Terminó 3° con 32 puntos, a 5 del líder Millonarios. En los cuadrangulares enfrenta al mencionado líder, a Pasto y a Tolima. Después de cumplir una exitosa primera vuelta, ganando dos partidos (uno de visitante), realizó una desastrosa segunda vuelta sin triunfos, resultando en su eliminación de la final terminando 3° con 8 puntos (a dos del líder Millonarios Fútbol Club).

En la Copa Colombia enfrenta a Equidad en octavos, empatando 0-0 en Barranquilla y ganando 1-2 en Bogotá (resultado histórico dado que Junior nunca había podido marcar goles en Bogotá contra ese equipo). En cuartos, enfrenta a Pasto, perdiendo 2-3 en Barranquilla y 3-0 en Pasto, quedando eliminado de la competición.

Debido a todos estos resultados del 2012, la directiva decide no renovar el contrato de "Cheché" Hernández para el 2013. Igualmente, sale del equipoTeófilo Gutiérrez.

En 2008, en medio de la peor crisis en la historia del club.Giovanni Hernández, fue el eje de juego del cuadro barranquillero, así como un jugador clave en los títulos de 2010 y 2011.

Carlos Bacca quedó goleador por segundo año consecutivo en 2011.